PubMed

Hent poster hjem i MEDLINE-format

MEDLINE-formatet kan konverteres til TAB-format vha. Bibliometry Toolbox > MEDLINE to TAB med følgende datafelter:
PMID (PubMed ID-nummer) | DP (Udgivelsesår/dato) | AU (Alle forfattere, navne adskilt af semikolon) | TI (Artiklens titel) | DE (Emneindeskering: MeSH m.fl.) | DT (Dokumentype) | Source (Tidsskrift, bin, hæfte, sidetal) | ISSN (både p- og e-) | AID (artiklens DOI) | AD (Forfatter - fra AU + adresse) | AB (Abstract) - alle datafelter kompakte, foranstillede blanktegn i MEDLINE-formatet er fjernet.

I AD-feltet er alle enkelte Navn (fra AU) + tilhørende adressestreng markeret med ¤¤¤ foran navn, adresseelementer adskilt af semikolon; "Løse" forfatternavne er adskilt af semikolon. Man kan isolere de "løse" forfatternavne ved at indlæde hele filen i en database, søg enkeltvis ordene: univ, hosp, dept, department, inst og marker de fundne poster. De ikke markerede poster rummer nu de "rene" navne-strenge.

Find PMID-numre for mange poster

NCBI Batch Citation matcher accepterer input med følgende format:

journal_title|year|volume|first_page|author_name|your_key|

- eller:
ISSN|year|volume|first_page|author_name|your_key|

- eller:
PubMed Journal ID|year|volume|first_page|author_name|your_key|

Husk den afsluttende | i hver linie.

Tidsskriftforkortelser og fulde navne er ikke altid lige til at forudse, f.eks. Osteoporosis International

TA  - Osteoporos Int
JT  - Osteoporosis international : a journal established as result of cooperation
      between the European Foundation for Osteoporosis and the National Osteoporosis
      Foundation of the USA
- her er det bedre at søge på ISSN alene (uden forklarende tekst i parentes):
IS  - 1433-2965 (Electronic)
IS  - 0937-941X (Linking)

Oprensning af MeSH

Hvis man ønsker kun at præsentere Major_MeSH, kan man fjerne alle Minor MeSH (uden stjerne) på følgende måde:

Find-erstat: /([a-z&\ ]*?)/ og /([a-z&\ ]*?)$ med ingenting.

Datafelter i PubMed

http://www.nlm.nih.gov/bsd/mms/medlineelements.html

PubMed Unique Identifier PMID Kan gensøges med nummer alene i PubMed, med PMID(xx) i SCOPUS og PMID=xx i Web of Science - brug programmet http://bibliometri.wikidot.com/bibliometry-toolbox#toc3
NLM Unique ID JID
PubMed Central Identifier PMC Link til fuldtekstartikel i PubMed Central
PubMed Central Release PMCR

Forfatter(e):

Author AU
Author Identifier AUID http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=Astrup%20A%5BAuthor%5D&cauthor=true&cauthor_uid=24695891
Full Author FAU
Corporate Author CN
Investigator Name and Full Investigator Name IR (FIR)
Affiliation AD Fra og med 16. december 2013 medtager PubMed alle forfatteradresser - i det omfang dataleverandørerne leverer dem. Før denne dato er kun førsteforfatters adressse med, denne er til gengæld redigeret.
Investigator Affiliation IRAD
Secondary Source ID SI

Tidsskriftet:

Source SO ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pubmed/J_Medline.txt - alle PubMed indekserede tidsskrifter
Journal Title Abbreviation TA
Journal Title JT
Volume VI
Issue IP
Pagination PG
ISSN IS
Publication Type PT

Hvornår er posten oprettet og ændret:

Create Date CRDT
Date Completed DCOM
Date Created DA
Date Last Revised LR
Date of Electronic Publication DEP
Date of Publication DP

Emneklassifikation (MeSH)

MeSH Terms MH
Registry Number/EC Number RN
Substance Name NM
Personal Name as Subject PS
Full Personal Name as Subject FPS

Andre datafelter:

Number of References RF
Abstract AB
Copyright Information CI
Article Identifier AID Kan indeholde DOI afsluttet med [doi] eller andre koder fra udgiver afsluttet med [pii]
Book Title BTI
Collection Title CTI
Comments/Corrections Se alle feltkoder her: http://www.nlm.nih.gov/bsd/mms/medlineelements.html#cc
Edition EN
Editor and Full Editor Name ED (FED
Entrez Date EDAT
Gene Symbol GS
General Note GN
Grant Number GR http://www.nlm.nih.gov/bsd/grant_acronym.html ; http://www.nlm.nih.gov/bsd/funding_support.html
ISBN ISBN
Language LA
Location Identifier LID Svarer til - og indeholder normalt det samme som AID
Manuscript Identifier MID
MeSH Date MHDA
Other Abstract OAB
Other Copyright Information OCI
Other ID OID
Other Term OT
Other Term Owner OTO
Owner OWN
Place of Publication PL
Publication History Status PHST
Publication Status PST
Publishing Model PUBM
Space Flight Mission SFM
Status STAT
Subset SB
Title TI
Transliterated Title TT
Volume Title VTI

http://expertscape.com/ - meget kreativ brug af pubmed-data

Medmindre andet er angivet, er indholdet af denne side licenseret under Creative Commons Attribution-ShareAlike 3.0 License